تا قبل از سال ۱۳۹۵ قوانین «دروس آزاد سطوح عالی در حوزه علمیه قم» به طلبه اجازه می‌داد آزادانه در هر کلاسی شرکت کند؛ البته در سامانه نجاح می‌بایست انتخاب واحد می‌کرد و کلاس یکی از اساتید ثبت‌شده در سامانه را برای خود ثبت می‌نمود تا بتواند جواز وصل شهریه یا حضور در امتحان را داشته باشد؛ اما در صورت شرکت طلبه در کلاس‌های غیر رسمی (ثبت نشده در نجاح) و یا مطلق عدم شرکت در کلاس (تحصیل درس با صوت، شرح یا تلخیص) نیز می‌توانست با نمره قبولی ۱۶ در امتحان شرکت کند. طبیعی است افرادی که حد نصاب حضور در کلاس رسمی را داشتند قبولی‌شان ۱۲ بود.
تا اینکه سال ۱۳۹۵ حجت‌الاسلام فرخ‌فال «مدیر وقت حوزه علمیه قم»، تصویب طرحی که پیشتر برای شورای عالی فرستاده بود را از آن شورا گرفت. طرحی که به یکباره شوک خبری به حوزه علمیه وارد ساخت و حتی خبرگزاری‌های ملی نیز آن را پوشش دادند و شایعاتی نیز به دنبال داشت.
دوم شهریور سال ۱۳۹۵ حجت‌الاسلام فرخ فال در نشستی خبری از “اجباری شدن شرکت در کلاس‌ها” برای طلاب سطوح عالی سخن گفت: «با رهنمودهای بزرگان حوزه و شورای عالی، دروس سطوح عالی حوزه علمیه ساماندهی شد و طی آن از سال تحصیلی جاری، گرفتن امتحان از طلاب، منوط به حضور در کلاس‌های سطح دو و سه از سوی طلاب است و دیگر همچون سابق، این سطوح ارائه نمی شود.»
ایشان در ادامه علت این اقدام را اینچنین تشریح کرد: «ساماندهی دروس حوزه علمیه در راستای شرکت منظم طلاب در کلاس‌ها و #رونق‌گرفتن حوزه علمیه صورت گرفته است.»
بسیاری که برنامه‌های علمی خود را طبق روال سابق تنظیم نموده بودند نقدهای بسیاری را به این طرح، وارد کردند؛ از جمله طلاب مؤسسات تخصصی؛ چراکه این طرح، با برنامه‌های درسی آن مراکز تخصصی در تضاد بود. حتی طلابی که علم‌آموز مؤسسات تخصصی نبودند اما برنامه‌های تحصیلی غیر رسمی متناسب با استعداد و توان تحصیلی خود با اساتیدشان تنظیم کرده بودند نیز به این طرح اعتراض داشتند.
عاقبت فشارهای منتقدان باعث اندک عقب‌نشینی مدیر وقت حوزه علمیه قم شد و قانون جدید را شامل یک استثناء کرد. لیست کوچکی از مؤسسات علمیِ مورد تایید مرکز مدیریت ارائه شد و گفته شد طلاب این مراکز تخصصی با آوردن نامه از مؤسسه‌شان باید اجبارا در دو درس، شرکت کنند و اجازه دارند دو درس دیگر را کما فی السابق بدون حضور و با قبولی ۱۶ امتحان دهند.
اما در سال‌های بعد و با اتمام دوره مدیریتی حجت‌الاسلام فرخ‌فال، نه‌تنها استثناء مذکور منسوخ شد؛ بلکه با شیبی ملایم، رفته‌رفته سال به سال بر شدت سختگیری قوانین آموزشی برای سطوح عالی، افزوده شد.
